Reliability of CNEURO hyssops for sample collection in the SARS-CoV-2 diagnosis / Fiabilidad de los hisopos CNEURO para la recogida de muestras en el diagnóstico del SARS-CoV-2

ABSTRACT Introduction: The detection of SARS-CoV-2 genetic material from nasopharyngeal swab samples by RT-PCR is the most specific and sensitive way to test suspected cases. However, factors such as the sampling process, the type of hyssop used, and the anatomical area from which the sample is collected can distort the result and cause false negatives. Objective: To evaluate the reliability of CNUERO hyssops for sample collection for the SARS-CoV-2 diagnosis versus IMPROSWAB hyssops. Material and Methods: To study the reliability of hyssops developed in Cuba for swabbing for the COVID-19 diagnosis by comparing them to other hyssops successfully used for this task, 2 swabbing samples were obtained from each patient (136). One of these two samples was taken using the hyssops made in Cuba, while the other was taken using another hyssop imported from Germany. The positive detections obtained with the use of both hyssops were compared using the Fisher's exact test. The result of the detection of each hyssop was evaluated and compared using the ROC curve. Results: The use of CNEURO hyssops allowed the detection of 45 out of 59 positive cases, while IMPROSAWAB hyssops detected 52 out of 59 true positive cases. There were no significant differences between positive cases detected with the use of each hyssop. The sensitivity of sample detection using CNEURO hyssops was 76,3 % while the one using IMPROSWAB hyssops was 88,1 %. Hence, there are no significant differences in the detection of cases using these two hyssops. Conclusion: CNEURO hyssops are safe and reliable to be used to take nasopharyngeal samples from COVID-19 patients.

RESUMEN Introducción: La detección de material genético del SARS-CoV-2 a partir de muestras de hisopos nasofaríngeos mediante RT-PCR es la forma más específica y sensible de analizar los casos sospechosos. Sin embargo, factores como el proceso de toma de muestra, el tipo de hisopo y el área anatómica de la que se extrae la muestra, pueden distorsionar el resultado y provocar falsos negativos. Objetivo: Evaluar la confiabilidad de hisopos CNUERO para la recolección de muestras en el diagnóstico de SARS-CoV-2 versus hisopos IMPROSWAB. Material y Métodos: Se obtuvieron 2 muestras de exudado de cada paciente (136). Una de estas dos muestras se tomó con hisopos CNEURO, mientras que la otra se tomó con el hisopo IMPROSWAB. Las detecciones positivas entre ambos hisopos se compararon mediante la prueba exacta de Fisher. El resultado de la detección de cada hisopo se evaluó y comparó utilizando la curva ROC. Resultados: El uso de hisopos CNEURO permitió detectar 45 de 59 casos positivos, mientras que los hisopos IMPROSAWAB detectaron 52 de 59 casos verdaderos positivos. Se detectaron diferencias no significativas entre los casos positivos detectados entre hisopos. La sensibilidad de detección de muestras utilizando hisopos CNEURO fue del 76,3 % y del 88,1 % cuando se utilizaron hisopos IMPROSWAB. Por tanto, no se detectaron diferencias significativas en la detección de casos utilizando estos dos hisopos. Conclusión: Los hisopos CNEURO son seguros y fiables para su uso en la toma de muestras nasofaríngeas de pacientes con COVID-19.

Comparison between nasopharyngeal swabs and saliva as reliable specimens for the diagnosis of SARS-CoV-2 / Comparación de la confiabilidad del diagnóstico del SARS-CoV-2 entre muestras de hisopado y saliva

Introduction: The SARS-CoV-2 virus is a positive-strand RNA virus. The virus can also be detected in many different specimens as throat swabs, nasal swabs, sputum, saliva, blood, etc. Objective: The aim of this paper is to compare the reliability of different types of specimen collection, saliva and swabs samples for the detection of SARS-CoV-2. Material and Methods: A sample of 22 COVID-19 positive patients was selected. Paired samples from saliva, nasopharyngeal, oropharyngeal and nasopharyngeal + oropharyngeal swabs were collected on the 7th day after diagnosis. The hyssops and medium employed was IMPROSWAB and IMPROVIRAL NAT Medium, Germany. The sample evaluation was conducted through RT-PCR. The results were compared using Fisher's exact test and ROC curve. The gold standard proposed in this paper was the nasopharyngeal + oropharyngeal swabs specimen. Results: The gold standard method detected 10 true positive cases, of which oropharyngeal swabs, nasopharyngeal swabs and saliva only detected three positive cases. Significant differences (Fisher's exact test p = 0.003) were detected in the comparison between saliva and the gold standart proposed. The ROC curve analysis showed that saliva had an area under the curve of 0.650, with a 30 percent of sensibility. However, the nasopharyngeal and nasopharyngeal + oropharyngeal samples had an area under curve of 0.950 and 1.000, respectively, with a sensibility of 90 percent and 100 percent, respectively. Conclusion: Saliva samples are not a reliable specimen for SARS-CoV-2 RNA detection. In turn, the most reliable specimens are nasopharyngeal and nasopharyngeal + oropharyngeal samples collected by swabbing(AU)

Introducción: El SARS-CoV-2 es un virus ARN positivo. Este virus puede ser detectado en diferentes tipos de secreción como hisopada bucal, nasal, esputo, saliva, sangre, etc. Objetivo: El objetivo de este estudio es comparar la confiabilidad de diferentes tipos de muestras, saliva y exudado, en la detección de SARS-CoV-2. Material y Métodos: Una muestra de 22 pacientes con diagnóstico de Covid-19 fue estudiada. Se tomaron muestras pareadas de saliva y exudado nasofaríngeo y orofaríngeo en cada paciente. Se emplearon los hisopos y medios de la firma alemana IMPROVE®. Los resultados de las determinaciones por RT-PCR se compararon mediante test de Fisher (test de la probabilidad exacta de Fisher) y cada sets de muestras fue evaluada individualmente y luego comparadas por curvas ROC. El estándar de oro propuesto fue el doble hisopado nasofaríngeo/orofaríngeo. Resultados: El método de oro propuesto detectó 10 casos positivos. La coincidencia de detección entre todos los sets de muestras fue de 3 casos (30 por ciento). Se obtuvieron diferencias significativas (Fisher p = 0.003) en la comparación de los casos detectados en saliva vs el estándar de oro. El análisis de curvas ROC mostró un área bajo la curva de 0.650 (30 por ciento de sensibilidad) para la saliva. En el caso del hisopado nasofaríngeo y el estándar de oro mostraron un área bajo la curva de 0.95 y 1.00, respectivamente, con una sensibilidad del 90 (AU) por ciento y 100 por ciento, respectivamente. Conclusiones: La saliva no es una muestra confiable para la detección de SARS-CoV-2. La muestra más confiable para el diagnóstico fue el hisopado nasofaríngeo y el doble hisopado(AU)